feat: add read-only memory-bank doctor command

.github/workflows/ci.yml

@@ -52,6 +52,7 @@ jobs:
           "$RUNNER_TEMP/memory-bank" lint --json > "$RUNNER_TEMP/memory-bank.json"
           "$RUNNER_TEMP/memory-bank-lint" --json > "$RUNNER_TEMP/memory-bank-lint.json"
           cmp "$RUNNER_TEMP/memory-bank.json" "$RUNNER_TEMP/memory-bank-lint.json"
+          "$RUNNER_TEMP/memory-bank" doctor --profile template --json > "$RUNNER_TEMP/memory-bank-doctor.json"
         working-directory: tools
 
   release-config:

AGENTS.md

@@ -3,6 +3,7 @@
 ## Структура проекта и организация модулей
 
 Корневой `README.md` объясняет устройство репозитория и правила использования шаблона.
+Перед substantial delivery work начните с [`memory-bank/README.md`](memory-bank/README.md), затем прочитайте governance-ядро и подходящий flow.
 
 - `memory-bank/` — переносимый шаблон, который должен оставаться generic.
 - `memory-bank/dna/` — governance-ядро шаблона.

README.md

@@ -81,7 +81,7 @@ problem space            solution space             execution space
 | [Managed-блок инструкций агента](docs/agent-instructions.md) | Для marker contract, doctor и выбора единственного agent instruction target |
 | [Разработка репозитория](docs/development.md) | Для разработчиков шаблона и CLI |
 
-`memory-bank lint` проверяет broken links, orphan-документы, достижимость через индексную навигацию и contract ожидаемых `README.md`-индексов. Прежний `memory-bank-lint` временно остаётся совместимым entrypoint для существующей автоматизации.
+`memory-bank lint` проверяет broken links, orphan-документы, достижимость через индексную навигацию и contract ожидаемых `README.md`-индексов. `memory-bank doctor` добавляет read-only диагностику внедрения, governance, managed drift и CI. Прежний `memory-bank-lint` временно остаётся совместимым entrypoint для существующей автоматизации.
 
 ## Развитие шаблона
 

docs/adoption.md

@@ -80,6 +80,37 @@ codex --search \
 
 Команда передаёт prompt при запуске интерактивной Codex-сессии и использует sandbox и approval policy из пользовательской конфигурации. Для воспроизводимого запуска замените `main` в URL на immutable commit SHA.
 
+## Подключить агента
+
+Используйте managed-блок, который устанавливает `memory-bank init`: он направляет агента к `memory-bank/README.md`, `memory-bank/dna/README.md` и `memory-bank/flows/routing.md`, не копируя governance. Не редактируйте содержимое между markers вручную; project-specific инструкции размещайте снаружи. Полный marker, update, doctor и alternative-target contract описан в [managed-блоках agent instructions](agent-instructions.md).
+
+Для первой адаптации можно использовать запрос:
+
+```text
+Прочитай ./memory-bank/README.md и governance-ядро в ./memory-bank/dna/.
+Помоги адаптировать product, domain, engineering и ops под этот проект.
+Не переноси project-specific детали обратно в generic-шаблон.
+```
+
+После внедрения используйте [инструкцию по повседневной работе](usage.md): она описывает связь Memory Bank с task tracker и agent runner, рабочий цикл и стартовые запросы.
+
+## Установить локальную проверку
+
+Для локального аудита установите `memory-bank` как внешний бинарник:
+
+```bash
+go install github.com/dapi/memory-bank/tools/cmd/memory-bank@latest
+```
+
+После этого из любого места внутри downstream Git-репозитория:
+
+```bash
+memory-bank lint
+memory-bank doctor
+```
+
+Подробности по флагам, migration path и установке: [`memory-bank.md`](memory-bank.md).
+
 ## Подключить CI
 
 CI-проверка Memory Bank должна быть opt-in в downstream-проекте. Не копируйте `.github/workflows/ci.yml` из этого репозитория: он предназначен для разработки самого шаблона и собирает локальный Go CLI из `tools/cmd/memory-bank`.
@@ -119,7 +150,7 @@ jobs:
         run: go install "github.com/dapi/memory-bank/tools/cmd/memory-bank@${MEMORY_BANK_VERSION}"
 
       - name: Audit Memory Bank
-        run: memory-bank lint
+        run: memory-bank doctor
 ```
 
 Если в проекте уже есть Go toolchain setup, можно переиспользовать существующий шаг `actions/setup-go`. Если Go в проекте не используется, он нужен только для установки CLI через `go install`; после публикации release binaries или Homebrew formula CI можно заменить на установку готового бинарника.
@@ -132,4 +163,5 @@ Memory Bank считается внедрённым, когда:
 - постоянный контекст `product/`, `domain/`, `engineering/` и `ops/` отражает фактические правила проекта или явно помечает пробелы;
 - агентские инструкции указывают читать `memory-bank/README.md` и governance-ядро;
 - первая реальная задача прошла через выбранный flow или `Small Change` routing record;
+- `memory-bank doctor` проходит локально (и включает navigation checks `lint`);
 - CI-проверка подключена, если команда хочет блокировать PR при broken links или нарушенной индексной навигации.

docs/agent-instructions.md

@@ -29,7 +29,7 @@ memory-bank doctor
 memory-bank doctor --json
 ```
 
-`doctor` проверяет блок без мутаций. Missing и outdated block дают planned `create/update`, ambiguous markers — `conflict`, актуальный блок — `preserve`. Любой drift возвращает exit code `1`; актуальное состояние — `0`. JSON дополнительно содержит `drift_count` и `conflict_count`.
+`doctor` проверяет блок без мутаций как часть общего adoption-аудита. Missing, outdated или ambiguous managed block становятся finding `agent.managed_block_drift` уровня `error`; актуальный блок finding не создаёт. Полный versioned JSON contract и остальные диагностические группы описаны в [`memory-bank.md`](memory-bank.md).
 
 ## Альтернативный target
 

docs/memory-bank.md

@@ -1,12 +1,12 @@
 # CLI memory-bank
 
-`memory-bank` безопасно устанавливает и обновляет template, а также проверяет навигационную целостность `memory-bank/`.
+`memory-bank` безопасно устанавливает и обновляет template, а также диагностирует его внедрение и целостность.
 
 Ownership-контракт, классы файлов и atomic update policy описаны в [отдельном документе](ownership.md). Основные команды:
 
 - `memory-bank init` создаёт служебный `memory-bank/.lock` и устанавливает только отсутствующие файлы;
 - `memory-bank update` строит ownership-aware mutation plan и применяет его только целиком;
-- `memory-bank doctor` проверяет актуальность managed-блока agent instructions;
+- `memory-bank doctor` выполняет read-only диагностику adoption, governance, managed drift, CI и навигации;
 - `memory-bank lint` проверяет документацию.
 
 `memory-bank lint` обнаруживает:
@@ -17,6 +17,15 @@ Ownership-контракт, классы файлов и atomic update policy о
 - документы, которые достижимы только глубже порога навигации;
 - contract ожидаемых `README.md`-индексов.
 
+`memory-bank doctor` переиспользует этот lint engine и добавляет проверки:
+
+- template identity из `memory-bank/.lock` и drift managed/generated payloads;
+- routing из `AGENTS.md` (или выбранного `--agent-file`) и managed-блока;
+- YAML frontmatter, допустимых lifecycle enum, ацикличности `derived_from` и feature stage gates;
+- наличия doctor-gate в GitHub Actions и плавающего `@latest` в downstream CI.
+
+Команды решают разные задачи: `lint` — быстрый аудит навигации, `doctor` — полный read-only health check текущей установки, `update --dry-run` — read-only preview конкретного обновления из явно переданного template source. Только обычный `update` применяет изменения.
+
 ## Установка
 
 Для регулярных проверок установите CLI один раз. Требуется Go версии `1.21` или новее:
@@ -47,6 +56,7 @@ command -v memory-bank
 
 ```bash
 memory-bank lint
+memory-bank doctor
 ```
 
 По умолчанию `memory-bank lint` ищет ближайший родительский `.git` и использует найденный каталог как repo root. Если запуск идёт вне Git-репозитория или нужно проверить другой checkout, передайте корень явно:
@@ -71,6 +81,10 @@ memory-bank lint --repo-root /path/to/repository
 - `--version` — печатает версию бинарника и завершает работу;
 - `--help` — печатает справку по запуску и параметрам.
 
+Для `doctor` также доступны `--profile auto|template|downstream` (по умолчанию `auto`) и `--agent-file PATH`. Auto-profile считает репозиторий downstream при наличии `memory-bank/.lock`; исходный репозиторий шаблона распознаётся по локальному Go module. `--scope-root` и `--max-depth` передаются встроенной navigation-проверке.
+
+Exit code `0` означает отсутствие blocking findings уровня `error`; одни warnings не блокируют. `doctor --json` печатает публичный report format `2`: profile, template identity, summary, findings со стабильными `code`, `severity`, `group`, `path/subject`, explanation и remediation, а также исходный lint-report в поле `navigation`. Версия `2` сигнализирует несовместимое изменение схемы aggregate doctor report.
+
 ## Примеры
 
 ```bash
@@ -95,12 +109,12 @@ go run github.com/dapi/memory-bank/tools/cmd/memory-bank@latest lint
 ## Общий command contract
 
 - `memory-bank --help` и `memory-bank --version` относятся ко всему CLI;
-- `memory-bank lint [flags]` — read-only команда: она не изменяет проверяемый репозиторий;
+- `memory-bank lint [flags]` и `memory-bank doctor [flags]` — read-only команды: они не изменяют файлы, Git index или внешние системы;
 - результат и `--json` записываются в stdout, diagnostics и ошибки использования — в stderr;
-- exit code `0` означает успешную команду без lint errors, `1` — lint errors или operational failure, `2` — неверный вызов CLI;
+- exit code `0` означает успешную команду без blocking errors, `1` — lint/doctor errors или operational failure, `2` — неверный вызов CLI;
 - repo root находится по ближайшему родительскому `.git`, а `--repo-root` переопределяет discovery.
 
-`init` и `update` принимают `--source`, `--template-version`, `--source-ref`, `--repo-root`, `--agent-file`, `--dry-run` и `--json`. Они также управляют коротким versioned routing-блоком в `AGENTS.md`; `--agent-file` выбирает один alternative target. `doctor` принимает `--repo-root`, `--agent-file` и `--json` и проверяет этот блок без мутаций. Подробности: [managed-блок инструкций агента](agent-instructions.md). Автоматическая brownfield-адаптация не входит в CLI.
+`init` и `update` принимают `--source`, `--template-version`, `--source-ref`, `--repo-root`, `--agent-file`, `--dry-run` и `--json`. Они также управляют коротким versioned routing-блоком в `AGENTS.md`; `--agent-file` выбирает один alternative target. `doctor` проверяет блок как часть агрегированной диагностики без мутаций. Подробности: [managed-блок инструкций агента](agent-instructions.md). Автоматическая brownfield-адаптация не входит в CLI.
 
 ## Переход с memory-bank-lint
 

memory-bank/engineering/architecture.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 title: Engineering Architecture Patterns
 doc_kind: engineering
 doc_function: canonical
-purpose: Каноничное место для архитектурных правил реализации: code/module boundaries, runtime patterns, concurrency, error handling и configuration ownership.
+purpose: "Каноничное место для архитектурных правил реализации: code/module boundaries, runtime patterns, concurrency, error handling и configuration ownership."
 derived_from:
   - ../dna/governance.md
   - ../domain/context-map.md

memory-bank/engineering/autonomy-boundaries.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 title: Autonomy Boundaries
 doc_kind: engineering
 doc_function: canonical
-purpose: Границы автономии агента: что можно делать без подтверждения, где нужна супервизия, когда эскалировать.
+purpose: "Границы автономии агента: что можно делать без подтверждения, где нужна супервизия, когда эскалировать."
 derived_from:
   - ../dna/governance.md
 canonical_for:

memory-bank/engineering/testing-policy.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 title: Testing Policy
 doc_kind: engineering
 doc_function: canonical
-purpose: Описывает testing policy репозитория: обязательность test case design, требования к automated regression coverage и допустимые manual-only gaps.
+purpose: "Описывает testing policy репозитория: обязательность test case design, требования к automated regression coverage и допустимые manual-only gaps."
 derived_from:
   - ../dna/governance.md
   - ../flows/feature.md

memory-bank/flows/templates/feature/design.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 title: "FT-XXX: Design Template"
 doc_kind: feature
 doc_function: template
-purpose: Governed wrapper-шаблон для feature-local `design.md`. Фиксирует solution-space слой: выбранный подход, architecture coverage, contracts, design verification и design-pack routing без смешения с problem space или execution contract.
+purpose: "Governed wrapper-шаблон для feature-local `design.md`. Фиксирует solution-space слой: выбранный подход, architecture coverage, contracts, design verification и design-pack routing без смешения с problem space или execution contract."
 derived_from:
   - ../../feature.md
   - ../../feature-artifact-catalog.md

tools/go.mod

@@ -2,4 +2,7 @@ module github.com/dapi/memory-bank/tools
 
 go 1.21
 
-require golang.org/x/sys v0.17.0
+require (
+	golang.org/x/sys v0.17.0
+	gopkg.in/yaml.v3 v3.0.1
+)

tools/go.sum

@@ -1,2 +1,6 @@
 golang.org/x/sys v0.17.0 h1:25cE3gD+tdBA7lp7QfhuV+rJiE9YXTcS3VG1SqssI/Y=
 golang.org/x/sys v0.17.0/go.mod h1:/VUhepiaJMQUp4+oa/7Zr1D23ma6VTLIYjOOTFZPUcA=
+gopkg.in/check.v1 v0.0.0-20161208181325-20d25e280405 h1:yhCVgyC4o1eVCa2tZl7eS0r+SDo693bJlVdllGtEeKM=
+gopkg.in/check.v1 v0.0.0-20161208181325-20d25e280405/go.mod h1:Co6ibVJAznAaIkqp8huTwlJQCZ016jof/cbN4VW5Yz0=
+gopkg.in/yaml.v3 v3.0.1 h1:fxVm/GzAzEWqLHuvctI91KS9hhNmmWOoWu0XTYJS7CA=
+gopkg.in/yaml.v3 v3.0.1/go.mod h1:K4uyk7z7BCEPqu6E+C64Yfv1cQ7kz7rIZviUmN+EgEM=