相補塩基を出力する計算の高速化

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Dictionary を使ったグラフを使用した方が早いかもしれない.

こちらの開発環境では, 以下の結果が出ている.

• ビット演算による計算 : 10万塩基での計算で 0.165 ~ 0.210 sec
• グラフ(元の塩基を key, 相補塩基を value にしたハッシュマップ)による計算 : 10万塩基での計算でおよそ 0.104 sec

おそらく, Dictionary を使用するとメモリ消費を犠牲に計算が高速になっていると考えられる. また, Dictionary には全ての複合塩基を変換するのは難しいというデメリットがあることもわかった(ビット演算はいかなる複合塩基も同じようにビット回転させるだけなので一つの関数だけですむ).

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Dictionary で全ての複合塩基を計算するのは不可能ではない. 全て定義すればいい. ただ, コードを書く作業が大変なので, 実験は後日行う.

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実際に全ての複合塩基を辞書に入れてテストしたが, 速度に違いはなく, やはりビット演算よりも高速であった. しかし, 辞書の場合は全ての複合塩基について書き間違いがないかをテストする必要があるので, 全ての複合塩基に関するテストを記述する必要がある.