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AGENTS.md — PanelAgent

流式细胞多色 panel 设计工具。LLM + 确定性算法混合架构，共享 SQLite 内核，提供 CLI + Skills、MCP、WebUI 三种入口。

必读（按顺序）

  1. docs/panelagent-core.md — 内核包公开 API、schema、CLI/MCP 用法（权威文档）
  2. 对应任务书 docs/refactor/ — 本次任务范围与验收要求

项目约束直接维护在本文件和内核文档中，不再依赖项目专用 skill。

快速事实

  • 架构：panelagent/（SQLite 内核包：CLI pa + MCP server + Python API）← FastAPI backend← Next.js 前端
  • 实验工作台：/exp-design → Next 服务端 /api/workbench/* → stdio MCP → SQLite；可选模型负责工具编排。其他页面经 FastAPI 读写同一 SQLite 库，接入配置见 docs/web-workbench.md。
  • DB：SQLite WAL，路径 --db > PANELAGENT_DB > ~/.local/share/panelagent/panelagent.db；一个 DB = 一个实验室（多抗体库 + 多仪器）
  • 切面分离：backend 可 import panelagent 内核模块，禁止 import panelagent.cli/mcp；反向亦然
  • 验证基线：PYTHONPATH=. python3 -m pytest tests/ -q（在项目虚拟环境运行；当前 314 passed）+ ruff check
  • git 政策：不主动 commit，等用户点头

当前状态（2026-09-07）

  • v0.1–v0.1.4 内核已提交：panelagent/ + tests/core/
  • v0.2.0：CLI/MCP 契约对齐、用户 Skill、发行构建、Web/后端 SQLite 整合及 CLI 安装包指南已实现。
  • Phase 2 任务书：docs/refactor/phase2-backend.md；迁移说明 docs/sqlite-migration.md。
  • 历史任务书：docs/refactor/

常用命令

make test-backend          # pytest
make lint-backend          # ruff
make typecheck-frontend    # tsc
make generate-client && make check-drift   # OpenAPI 客户端同步检查
pa init --config-dir config --inventory-dir antibody_vault
pa panel generate --library Mouse --markers CD3,CD4,CD8 --json

注意

  • frontend 用 Next.js 16（较新），写代码前查 frontend/node_modules/next/dist/docs/
  • 抗体 target / fluorochrome 可以为 NULL，搜索和计算必须正确处理。
  • 亮度只采用有来源的数据；缺失时保持未知，不猜测补值。
  • config/ 是静态数据编辑源；修改后同步 panelagent/data/seed/，运行时使用 SQLite。
  • MCP 使用声明支持的官方 SDK 版本；工具只读或纯计算，协议输出独占 stdout。